『デューン2 』は第1作に続き、ポール·エトリディ（ティモシー·シャラメ）が皇帝パディシャとハクナンによって絶滅した後、惑星エラコスでフレマン人の女戦士チーニ（ゼンダヤ）と出会い、フレマン人に加わった後の伝説的な旅を描く。パウロは家族を破壊した陰謀者たちと戦い、生涯の愛と既知の宇宙の運命の間のジレンマに直面している。
